Иньеста дебютировал в основном составе «Барселоны» 29 октября 2002 года в матче Лиги Чемпионов против «Брюгге». В сезоне 2003/04 Иньеста сыграл уже 11 матчей и забил 1 гол в чемпионате Испании, в основном меняя главную звезду клуба, Роналдиньо. «Барселона» заняла в том сезоне второе место в чемпионате.