Афеллай начал свою футбольную карьеру в клубе ЮСВ Элинквейк из Утрехта. Он сразу показал свою целеустремлённость , уверенную игру. Скауты ПСВ не оставили его без внимания , и он подписал контракт с ПСВ.

В 1996 году он перешёл в молодёжную академию ПСВ. Официальный дебют Афеллая за ПСВ состоялся 4 февраля 2004 года во время матча Кубка Нидерландов против НАК Бреда в возрасте 17 лет. Его дебют в чемпионате состоялся 14 февраля, против «Твенте». В сезоне 2003/04 он сыграл три официальные игры, и ещё семь в сезоне 2004/05.

15 мая 2005 года, ПСВ сыграл матч против «Фейеноорда». Афеллай играл в стартовом составе, и произвёл большое впечатление забив 2 гола.

13 ноября 2010 года появилась информация, что Афеллай зимой перейдёт в испанскую «Барселону». 15 ноября 2010 года «Барселона» официально объявила о договорённости с ПСВ о переходе Афеллая.

23 декабря 2010 года Афеллай прибыл в Барселону, прошел медицинское обследование в каталонском клубе и подписал контракт на 4,5 года. Сумма трансфера составила €3 млн.

24 сентября 2011 года во время тренировки Афеллай получил разрыв крестообразной связки. Футболисту потребуется операция. По предварительным данным на восстановление Ибрагиму потребуется около полугода[6].В 2011 году такой игрок как Афеллай не мог не запомниться , в полуфинале Лиги чемпионов против злейшего врага Барселоны; Реала , Афеллай достаточно легко разобрался с одним из лучших крайних защитников мира Марсело , и сделал филлигранный пас на Лионеля Месси а тому ничего не оставалось как только подставить ногу, и этот гол стал победным.

29 апреля 2012 года на 73 минуте матча против «Райо Вальекано» впервые вышел на поле после травмы, заменив Серхио Бускетса, в том матче «Барселона» победила 7-0.

31 августа 2012 года Ибрагим перешел в «Шальке 04» на правах аренды. 24 октября 2012 года Ибрагим Афеллай забил свой первый гол в Лиге чемпионов за «Шальке 04». Он был признан лучшим игроком этого матча. Весной 2013 года стало известно, что «Шальке» не будет выкупать Афеллая, который по окончании срока аренды вернулся в «Барселону».